2004年（平成16年）9月16日、ゲームボーイアドバンス用ソフト『ポケットモンスター エメラルド』が発売された。これは『ポケットモンスター ルビー・サファイア』に加わる別バージョンの1作で、パッケージにはてんくうポケモンの“レックウザ”が飾られている。

最初に選べるパートナー候補はキモリ、アチャモ、ミズゴロウの3匹である。ホウエン地方を舞台に、マグマ団とアクア団の双方と対決する新エピソードが追加され、グラードンとカイオーガの両方を捕まえられる点も評価された。

特にゲーム性の変化として、バトルフロンティアの初登場やジムリーダー・ジム内仕掛けの刷新が挙げられる。またフィールド上で効果を発揮する特性が『エメラルド』で大きく増加し、以前から存在した“ものひろい”等に加えてプレイ環境に影響を与えた。説明文に明記されていない効果を発見したプレイヤーへの言及もあり、当時のボリューム感とお得感が強調されている。